潰瘍性大腸炎が主に大腸で起こるのに対して、クローン病では、口、食道、胃、十二指腸、小腸、肛門までの消化管全体に潰瘍の発症がみられるのが一番の違いです。
特に小腸に病変が多いのが特徴です（患者様全体の70％～80％に小腸に潰瘍を認めます）
また共通している症状も多いのですが、「潰瘍性大腸炎と比べると血便・下血が少ない」「肛門のトラブルが多い」などの特徴もあります。